S'il est parfois possible d'identifier et de quantifier tous les contaminants présents dans une matrice (eau, sol, sédiments...), cette détermination ne permet ni d'évaluer, ni de prévoir leur impact sur les êtres vivants ou sur l'écosystème. C'est pourquoi d'autres voies ont été explorées, parmi lesquelles la mesure de paramètres au niveau moléculaire, biochimique appelés biomarqueurs.