Après avoir vaincu les fantômes maléfiques, les ninjas sont devenus des célébrités dans tout Ninjago. Mais des forces obscures s'apprêtent à menacer leur monde à nouveau. Un Djinn maléfique capable d'exaucer des voeux est apparu dans Ninjago, accompagné de son équipage de Pirates du ciel. Ils ont bien l'intention de prendre leur revanche...