Koudjougou est issu du peuple des Margous, qui occupe une partie de la république du Haram, au sud du Sahara, et bénéficie de pouvoirs spécifiques transmis depuis les temps ancestraux. Après de brillantes études primaires et secondaires, il est admis à l'université du Fallah, la capitale. Mais la situation économique et politique de son pays l'empêchera de mener à bien ses études.