La rigueur et la rationalité d'une théorie physique sont-elles incompatibles avec l'ésotérisme auquel Newton s'est intéressé tout au long de sa vie de chercheur ou bien doit-on voir là simplement deux facettes contradictoires de sa personnalité ? J.-P. Auffray avance l'hypothèse que l'oeuvre de Newton physicien est l'aboutissement de la pensée de Newton alchimiste.