Nous sommes en 2049, Tokyo est devenue la ville la plus dangereuse au monde. La criminalité dans les quartiers engendré la résurgence de combattants de l'ombre : les Shinobi ! L'un d'entre eux, Jin, sauve un garçon du nom de Enh, qui a hérité d'un parchemin extrêmement convoité. Afin de le protéger, Jin décide de l'intégrer dans son escouade de combattants d'élite. Enh sera-t-il de taille à relever les missions les plus périllleuses de Jin et ses hommes ?