Durant la seconde guerre mondiale un pilote s'écrase dans le Sahara. Il laisse un fils, Emile, et une femme.

1960, la guerre d'Algérie, Emile travaille en Algérie, à la recherche de son père amnésique, et d'une vie à lui.

Le pilote amnésique est le poignant récit de vies humaines à jamais endommagées par la guerre, celle d'un père qui ne verra pas son fils, celle d'un fils qui grandira sans son père, de retrouvailles vite avortées par la guerre.