Publiée en 1566, L'apologie pour Hérodote présente un réquisitoire contre toutes les formes d'abus et de tromperie. L'auteur y dénigre les superstitions des catholiques, s'en prend à la messe, à l'invocation des saints et au culte des images. Sa dénonciation rallie le combat que l'humaniste mène contre la sottise avec les armes de l'esprit. Au-delà, c'est aussi une réflexion sur l'Histoire.