Les « Huguenots » n'ont jamais été nombreux à Marmande, par contre, ils n'hésitent pas avec le concours de leurs coreligionnaires des environs, à manifester leur présence. C'est ainsi qu'un jour, ils font une violente irruption dans le couvent, saccageant tout sur leur passage : « Bientôt dans tout Marmande court la rumeur : Ils brûlent les Cordeliers !  » Par mesure de sécurité les Consuls ordonnent la fermeture des portes de la ville, la cloche de la Jurade sonne le tocsin pour appeler aux armes la milice bourgeoise, mais lorsque cette dernière est en mesure d'intervenir, les Huguenots sont déjà partis, et il ne reste du monastère - dont les reliques ont été profanées et les archives détruites - que des ruines fumantes. Les religieux ont résisté longtemps, mais finalement ils ont été chassés.