Trois adolescents se retrouvent propulsés dans le passé, à l'époque où Tokyo s'appelle encore Edo, dans un univers peuplé de créatures fantastiques : les Yōkai. Pire encore, ils sont entraînés dans le combat que mène Yamato, un jeune Japonais de leur âge, contre l'Arche, une mystérieuse organisation. Leurs destinées se révèlent, s'entrecroisent et les poussent dans leurs derniers retranchements.