L'objectif principal de ces directives est d'aider les pays, les institutions et les décideurs politiques dans le développement et la mise en oeuvre d'une stratégie pour assurer la durabilité du secteur de l'aquaculture, l'intégration de l'aquaculture avec d'autres secteurs et de sa contribution au développement social et économique.

«  Une approche écosystémique à l'aquaculture est une stratégie pour l'intégration de l'activité dans l'écosystème élargi de telle sorte qu'il encourage le développement durable, l'équité et la résilience de l'interconnexion des systèmes socio-écologiques . » Étant une stratégie, l'approche écosystemique de l'aquaculture (AEA) n'est pas ce qui est fait, mais plutôt comment il est fait. La participation des parties intéressées est à la base de la stratégie. L'AEA exige un cadre politique approprié dans lequel la stratégie se développe en plusieurs étapes : (i) la portée et la définition des limites des écosystèmes et l'identification des parties intéressées, (ii) l'identification des enjeux principaux ; (iii) la hiérarchisation des enjeux ; (iv) la définition des objectifs opérationnel ; (v) l'élaboration d'un plan de mise en oeuvre ; (vi) le processus de mise en oeuvre correspondant, qui comprend le renforcement, la surveillance et l'évaluation, et (vii) un examen des politiques a long terme. Toutes ces démarches sont informées par les meilleures connaissances disponibles.