Émile Nelligan insistait pour que son nom se prononce à la française, et lorsqu'il l'écrivait Nélighan, c'était pour manifester clairement cette intention. On a tenté, au fil des ans, d'attribuer ce changement de graphie à l'animosité qu'il éprouvait envers son père et son désir de prendre ses distances avec lui. Mais cette explication ne tient pas lorsque l'on considère qu'il signait en même temps son prénom à l'anglaise, ce qui soulignait d'autant le lien qui l'unissait à ce même père.