En 1590, le régime politique de l'empire japonais est divisé et instable. Les jésuites essaient de propager la foi chrétienne malgré les persécutions dont ils sont victimes. Fervent chrétien, Carlos, le samouraï noir, oeuvre discrètement pour la victoire de la vraie foi tandis que les enfants de Pedro et Ana voyagent à Jérusalem, à Rome ou encore au Mozambique pour découvrir le monde.