Le savant Aronnax, Conseil, son domestique, et Ned Land, un harponneur canadien, embarquent à bord de la frégate Abraham Lincoln afin de capturer une monstrueuse créature. Or le monstre n'est autre que le Nautilus , le sous-marin de l'inquiétant et mystérieux capitaine Nemo...

Ce roman constitue le deuxième volet d'une trilogie que complètent Les Enfants du capitaine Grant et L'île mystérieuse.