Mike, Donnie, Raph et Leo essaient tant bien que mal de s'habituer à leur nouveau statut de leaders du clan Foot. Si le technodrome appartient au passé, les quatre frères décident de retourner sur l'île de Burnow pour réanimer les Utroms restés sur place après sa destruction. Un choix lourd de conséquences, qui donne lieu à une rencontre inattendue avec un nouveau mutant, Leatherhead.