La double appartenance du diocèse de Besançon à l'Empire et à la France en font un excellent exemple pour l'étude des bouleversements qui affectent la chrétienté de la réforme grégorienne à l'apogée de la monarchie pontificale, en ce moment où l'expansion canoniale et monastique conduit une multitude d'hommes et de femmes à se réfugier au cloître.