Le docteur John Dolittle aime les animaux, au point de préférer leur compagnie à celle des humains. De surcroît, il possède un talent rare et précieux : il peut les comprendre et parler avec eux.

Cela lui permet de leur venir en aide à Puddleby-on-the-Marsch en Angleterre, où il vit, mais aussi en Afrique, où il se rend en bateau afin de secourir les singes menacés par une terrible maladie.

Au cours de ce voyage, le docteur et ses amis - Jip le chien, Dab-Dab la cane, Too-Too le hibou, Gub-Gub le cochon, Polynesia le perroquet et Chee-Chee le singe - vont devoir, entre autres aventures, traverser le territoire de Jolliginki, négocier avec le roi des animaux, et affronter une bande de pirates sans foi ni loi.