Après la déroute de l'essaim, l'empereur Arcturus Mengsk saisit l'opportunité de renforcer la puissance du Dominion. Dans le plus grand secret, il a rassemblé une équipe de scientifiques émérites, les esprits les plus brillants du secteur Koprulu, pour percer le mystère des monstrueux Zergs et des énigmatiques Protoss dans un lieu tenu secret au sein du Projet Rochenoire. Car dans cette partie de la galaxie, les humains doivent être prêts à tout pour prendre l'avantage.