L'Inquisition comme institution tire son nom du verbe latin inquirir (au sens de chercher, enquêter, interroger, faire des démarches afin de connaître la vérité). La procédure fut développée par l'Eglise sous le pontificat de Lucius III à travers la bulle Ab abolendam de 1184, mais resta circonscrite à la législation des évêques. En 1215, le IVème Concile de Latran réaffirma son bien-fondé pour enquêter sur de supposés hérétiques.

L'apparition des hérésies en Europe, celles des manichéens, vaudois ou cathares, engagea l'Eglise à renforcer son action en mettant en place diverses armes pour les combattre : le bûcher, châtiment suprême contre l'hérésie (à partir de 1184), la confiscation de biens et la torture (à partir 1199). Par la suite, s'ajoutèrent d'autres dispositions comme le secret du fonctionnement du tribunal et la dissimulation des témoins.