Malgré l'absence de Jean Calvin aux séances durant trois mois en raison d'une grave maladie, le Consistoire continue de se réunir pendant l'année 1559 et au début de 1560. Les registres de cette période témoignent d'un intérêt croissant pour la pédagogie, avec notamment la création d'un collège, et de la diffusion de la foi réformée à Genève. Certaines mesures concernent le contrôle du mariage.