L' Histoire du monastère de Port-Royal est sans doute la contribution la plus importante de Cécile Gazier : elle retrace, après la publication de l' Histoire générale du mouvement janséniste depuis ses origines jusqu'à nos jours d'Augustin Gazier, les événements qui ont jalonné tout le XVII^e siècle à l'abbaye de Port-Royal, depuis la journée du Guichet jusqu'à sa destruction en 1710. Oeuvre d'histoire et défense de Port-Royal, à l'image de l' Abrégé de l'histoire de Port-Royal de Racine, malheureusement inachevé, le livre de Cécile Gazier puise aux meilleures sources dans une Bibliothèque dont elle avait une connaissance intime et profonde.