Après avoir retrouvé son père, Elen Bauer revient à Los Angeles avec le détective Kevin McBride, afin de remettre au professeur Brown le précieux manuscrit. Pour les hommes en noir, le secret de l'humanité arrive trop tôt. Ils cherchent par tous les moyens à étouffer l'affaire. Commence alors une redoutable chasse aux sorcières.