Dans un monde où les machines font désormais partie du quotidien, le docteur Light parvient à concevoir un robot d'un genre nouveau : Rock, un androïde doté de véritables sentiments humains ! À l'instar de Roll, le robot domestique que le bienveillant docteur a créé après lui et qu'il considère comme sa « petite soeur ». Rock a pour fonction d'assister son maître dans son travail, lequel consiste à gérer les robots industriels à qui il a confié la mission d'aider les humains.

Un jour, cependant, ceux-ci se retournent contre leur créateur et se mettent à attaquer la population ! Bien décidé à les empêcher de semer le chaos. Rock demande dors au docteur Light de le transformer en robot de combat : Megaman est né ! Parviendra-t-il à vaincre ses adversaires et â restaurer la paix ? C'est le début d'une longue bataille...

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