Au XVIe siècle, la cité de Nagasaki, au Japon, est au centre d'un réseau commercial mondial dominé par les Portugais. Alors que la religion catholique se répand progressivement sous l'influence des Jésuites, Carlos, un prince du Congo, Pedro, un Luso-brésilien ainsi qu'Ana, une Japonaise catholique, rencontrent des pirates, des courtisanes ou encore des espions dans ce nouveau monde en émergence.