Quand Monroe, l'informaticien du lycée, propose à Owen d'utiliser l'Animus - une machine permettant d'explorer le passé de ses ancêtres -, l'adolescent y voit le moyen de connaître enfin la vérité sur son père, mort en prison.

Au cours de l'expérience, Owen découvre l'existence d'une ancienne et puissante relique dont veulent à tout prix s'emparer deux organisations secrètes : la Confrérie des Assassins et l'Ordre des Templiers.

Monroe réunit alors Owen et cinq autres adolescents et les envoie à New York, pendant la guerre de Sécession, avec un objectif : récupérer la relique. Bientôt, chacun se retrouve projeté dans le corps de l'un de ses ancêtres, Templier ou Assassin...

- « Donc, les Assassins et les Templiers se battent pour la même chose ? résuma David.

- Ils veulent la même chose, rectifia Monroe. Ils se battent parce qu'ils ne sont pas d'accord sur le moyen de l'obtenir.

- Depuis des centaines d'années ? s'étonna Sean.

- Des milliers d'années, corrigea Monroe.

- Pourquoi tu nous racontes tout ça ? demanda Grace. On a rien à voir là-dedans.

- Tu te trompes.

- Que veux-tu dire ? intervint Javier.

- J'ai vu votre ADN, expliqua Monroe. J'ai vu vos ancêtres.

De naissance, chacun d'entre vous ici est un Assassin ou un Templier. Il se tourna vers Javier.

- Certains sont même les deux. »