L'histoire de Negi Springfield s'écrit enfin dans son intégralité !

Les membres de UQ Holder ont réussi à repousser pour un temps Negi Yolda et ses invincibles compagnons issus de Negima ! Le monde est temporairement sauvé... Tôta et Kirié s'accordent quelques jours de congé bien mérités sur les traces de Negi, à Kyôto. Les deux jeunes gens se rapprochent dangereusement, si bien qu'ils finissent par aller « jusqu'au bout » ... Puis, ils visitent l'atelier secret de Nagi, le père de Negi, où ils vont être témoins de scènes d'un lointain passé...