Komaru Naegi, la jeune soeur de Makoto est détenue sous la menace dans un complexe depuis plus d un an. Un jour elle est attaquée par un monokuma et parvient à s'enfuir. Elle découvre avec horreur que le monde est en proie au Désespoir. Elle fera la rencontre de Toko Fukawa avec qui elle va tenter de fuir la ville de Towa en affrontant des adversaires tous plus redoutables les uns que les autres.