Le Portugal entre, dès 1820, dans une période extrêmement troublée de son histoire. Les soulèvements, libéraux ou absolutistes, vont troubler le pays jusqu'à la conclusion ultime qui sera la proclamation de la République moins de 100 ans plus tard. La Maçonnerie portugaise ne pourra que refléter ce climat et elle ne cessera de connaître de multiples scissions, jusqu'en 1869.

Elle sera une fois de plus interdite en 1935 par Salazar et devra travailler dans la clandestinité de 1935 à 1974. Elle retrouvera la lumière après la révolution des œillets en avril 1974. Cette Maçonnerie est aujourd'hui une Maçonnerie vivante.