Au XVIIe siècle, sur une mer des Caraïbes alternative, le capitaine Villon et son équipage composé du bosco, dit le Cierge, d'un mousse, dit la Crevette, des frères Mayenne, égorgeurs, et du maître canonier Vent-Calme, se battent pour leur liberté, dans un monde déchiré par les cataclysmes temporels. Leur arme secrète est le Déchronologue, un navire dont les canons tirent du temps.