De mystérieux ninjas lancent un terrible assaut aérien sur Konoha ! Se ruant à la rescousse des siens, Naruto fait la rencontre de Shinnô, un médecin au talent prodigieux. Mais voici qu'Amaru, le disciple du vieil homme surgit exigeant de l'aide, car son propre village aussi est pris sous le feu ennemi.

Sur ordre de Tsunade, Naruto se rend sur place aux côtés de ses compagnons d'infortune.

Ils y retrouveront Sasuke, chargé d'une mission secrète par Orochimaru... Est-il venu en ennemi ou en ami ? Et quel dessein poursuit la confrérie des ninjas volants ? Le 5e opus des films de Naruto va nous révéter tous ses secrets !