La Croisade contre les Albigeois, jugée avec indépendance et avec justice, à la fin du XVII^e siècle et dans la première moitié du XVIII^e (2), n'a pas trouvé grâce auprès du rationalisme historique du nôtre. Pour lui, c'est une guerre «où l'on voit un pape, l'habile et superbe Innocent III, celui de tous les souverains pontifes qui porta le plus loin les conséquences funestes du système d'omnipotence universelle, dont l'orgueilleux Hildebrand avait jeté les fondements ; où l'on voir, dis-je, Innocent III ordonner sans pitié, sans remords, la ruine et le supplice des infortunés Albigeois, qui n'étaient guère coupables, à dire le vrai, d'autre crime que de s'être révoltés contre l'insolence, l'avarice et les déportements d'un clergé sans pudeur et sans frein, et qui ne voulaient que se soustraire à cette domination aussi insupportable qu'humiliante»