En 2014, le lycéen Akira Natsume est victime d'un accident de voiture et, lorsqu'il se réveille en 2030, il n'est plus qu'un « cerveau » blindé. On le surnomme « l'Ex-Arm n° 00 » et il s'avère être un hacker de haut niveau ! Mais il apprend qu'il est à l'origine de la destruction de Tokyo... Que va-t-il faire face à l'acte terroriste généré par une arme inconnue aussi appelée « l'Ex-Arm » ? !