Cette biographie prend en compte non seulement la quinzaine d'années où Loisy fut au cœur des débats sur l'exégèse biblique après la parution de L'Evangile et l'Eglise, en 1902, mais aussi toute une vie de recherches pour tenter de concilier la tradition de l'Eglise avec les exigences de l'esprit moderne. Emile Goichot utilise les textes autobiographiques de Loisy pour faire le récit de cette grande aventure intellectuelle dans laquelle les amitiés occupèrent une place privilégiée. Mgr Mignot, le baron von Hügel, l'abbé Bremond jouèrent avec Loisy un rôle essentiel dans les débats du début du siècle.