Septembre 1945, Tokyo. La guerre est finie. Le commandement suprême des forces alliées, GHQ, effectue des opérations strictement confidentielles pour neutraliser les armes humaines nommées « variants », créées par l'unité 731 de l'Armée impériale japonaise. Le leader des variants, Kuromori, manipule le bureau de l'Ordre et la Santé publique du GHQ : il pousse les civils à prendre les armes pour encercler le QG de l'organisation. Reconnaissant son ennemie jurée, Hana Yanagi, Julia se laisse piéger et, submergée par la vengeance, finit par tirer sur elle au milieu d'une foule de civils.