En 2045, la 37e mission de colonisation intergalactique a décollé de la Terre pour s'enfoncer vers la voie lactée. Des chasseurs à court rayon d'action et des croiseurs de combat assurent la protection du vaisseau amiral Macross 7. C'est à son bord que Mahara Fabrio et Shiba Hido vont se rencontrer et ensemble faire face au danger.