Cette thèse présente les développements bioinformatiques ayant abouti à la création de 2 logiciels. Tout d'abord, nous plongerons dans l'inférence phylogénétique, présentant un état de l'art du domaine puis en détaillant l'implémentation de MetaPIGA 2, un logiciel qui permet d'inférer une phylogénie via l'utilisation de méta-heuristiques...