Pendant les vacances d'été, Ruka fait la connaissance d'Umi et de Sora, deux garçons aux origines mystérieuses censés avoir été élevés par des dugongs. Ruka est fascinée par leur aisance dans l'eau, mais les adultes semblent nourrir des sentiments plus complexes à leur égard.

Pendant ce temps, d'étranges disparitions de poissons se multiplient dans le monde entier. C'est le début d'une grande aventure aquatique pour nos trois héros.