La guerre entre Goldorak et les forces de Véga est un lointain souvenir. Actarus et sa soeur sont retournés sur Euphor alors que Vénusia et Alcor tentent de mener une vie normale. Mais l'Hydragon, le plus puissant des golgoths, surgit de l'espace et exige que les Japonais quittent leur pays rapidement sous peine d'annihilation. Goldorak est leur seul espoir.