A la suite d'un tremblement de terre dévastateur, Z, une arme biologique développée dans le secret, se répand à travers la région du Kantô. Pour endiguer l'épidémie, le gouvernement japonais isole la zone, abandonnant les survivants à leur sort. Tetsuo, un adolescent devenu le chef d'un groupe d'enfants rescapés et menacés par les sbires d'un homme appelé l'Empereur, se met en quête de la vérité.