Hanté par l'injustice, le patriarche de Ferney ne cessera, à partir de l'affaire Calas, de répéter que la justice et ses institutions doivent être indépendantes de la religion. Il prônera la tolérance comme seul remède au fanatisme. Surtout, il saluera en l'oeuvre de Beccaria l'aurore d'une justice profondément renouvelée selon les principes de la philosophie.