Sacha et ses amis arrivent dans une grande ville où un groupe de cinq Genesect a trouvé refuge. Mais ces pokémons légendaires deviennent vite un problème puisque leur nid menace l'alimentation électrique de la ville et qu'ils attaquent quiconque s'en approche. Bientôt Mewtwo arrive, attiré par ces pokémons qui lui ressemblent.