Egypte, XIIIe siècle. Alors que l'Assassin El Cakr s'apprête à remettre le sceptre d'Aset à la Fraternité, celui-ci lui est dérobé par l'énigmatique Leïla. Sept siècles plus tard, la quête de Jonathan Hawk pour retrouver la relique provoque un ultime affrontement entre les Assassins et les Templiers.