Alien 9 est le nom d'une équipe spéciale dont la mission est de protéger la planète et ses habitants des invasions extra-terrestres. L'équipe est composée de 3 fillettes épaulées par un lieutenant-chef spécialisé. Munies d'un casque spécial, les 3 filles s'aventurent dans les couloirs de leur ancienne école pour un entraînement professionnel... Alien 9 s'attend à l'attaque des Aliens...