Après avoir fusionné avec le puppet master et quatre autres entités, Motoko est devenue la forme de vie la plus complexe de l'univers. Elle aide le groupe Poséidon à veiller sur la paix du monde. En même temps, Tamaki Tamai, du bureau des Forces Spirituelles, est chargé d'enquêter sur des phénomènes perturbant l'univers temporel et dont Motoko ferait partie.