Pierre Pernès a enseigné le calcul tensoriel, la mécanique des fluides et l'hydraulique dans plusieurs écoles d'ingénieurs du ministère de l'Agriculture, notamment à l'École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg, à l'École Nationale du Génie Rural des Eaux et des Forêts et à l'Institut National Agronomique de Paris-Grignon.