1203 à Constantinople, un groupe de Templiers dérobe des documents secrets destinés au Pape. Dissimulés dans des coffres, ceux-ci vont pourtant disparaître... De nos jours, l'agent Reilly est à Rome afin de consulter les archives du Vatican, privilège permis à un agent du FBI. Reilly est en fait à la recherche d'un document caché dans les archives de l'Inquisition qui lui permettrait de retrouver Tess, enlevée par un terroriste aussi mystérieux que dangereux ! Reilly ne sait pas encore que ce document a un lien avec les textes disparus, des siècles auparavant...

Cette deuxième saison du Dernier Templier est inspirée de La Malédiction du Dernier templier initialement parue sous forme d'un roman signé Raymond Khoury.