1831. Charles Darwin, 22 ans, diplômé de Cambridge et passionné par la nature, embarque comme naturaliste sur le Beagle. Ses relations avec le commandant Fitz Roy, qui ne partage pas ses idées humanistes, sont tendues. Au cours du voyage, sa foi religieuse est mise à l'épreuve : il se demande pourquoi Dieu a créé et détruit autant d'espèces.