Bien du temps a passé depuis la victoire de Sora sur l'Organisation XIII dans Kingdom Hearts II  ! Alors que notre héros pensait enfin retrouver une vie paisible sur son île, une lettre du Roi Mickey lui apprend le retour d'un vieil ennemi qui ne pourra être contré qu'avec l'aide du mystérieux Pouvoir de l'Éveil. Or, Sora échoue à obtenir ce pouvoir et se retrouve plus affaibli que jamais... Le voilà donc reparti à l'aventure dans les mondes Disney aux côtés des inséparables Donald et Dingo afin de recouvrer ses forces perdues !