Alors que les nazis viennent de prendre le pouvoir et qu'ils cherchent à mettre au pas les Églises, Peterson s'élève contre l'instauration d'une Église du Reich en s'opposant à Carl Schmitt et sa conception de la « théologie politique ». Il défend, au contraire, en l'opposant à la tradition du monothéisme, la thèse proprement chrétienne de la Trinité qui interdit au christianisme de servir de caution à une quelconque entreprise politique de domination. Ce qui l'entraîne également à redéfinir l'Église, fondée sur les Douze et non sur le missionnaire Paul, ainsi qu'à prendre parti, de manière radicale et très originale, sur la question de la nature et du rôle de la théologie.