Agé de 68 ans, sur son lit de mort à Amboise, Vinci raconte à son secrétaire, légataire et dernier jeune compagnon de son existence, Francesco Melzi, l'histoire de la seconde moitié de sa vie. Un récit qui revient sur la part d'ombre de Léonard : sa passion douloureuse pour le vol et les oiseaux, sa peur de la marquise de Mantoue, son mépris de la thésaurisation...