Année 2099. Le combat mené par Axel et ses compagnons C.421, Takumi et le traceur, face à la Matrice du Jeu s'avère compromis par l'arrivée d'une exterminatrice. Pion loyal du Régent, l'énigmatique Veuve Noire s'acharnera à « effacer » l'Elu intronisé par la Confrérie, la Fraternité des Gueux...